目标

编写完整的配置说明文档，覆盖所有配置选项。

实现要点

• 基础安装 + 自定义覆盖
• 自动注入的 9 个命令、5 个 agent、9 个 skill 清单
• FlowRun 引擎参数说明（状态、阶段、DAG、检查点、弹性）
• 环境要求
• 自定义 prompt 覆盖

验收标准

• [x] docs/guides/configuration.md 已创建
• [x] 包含安装、覆盖、注入项、引擎、环境、高级配置